En la Copa do Brasil guerrero debutaría ante el Paysandu Sport Club por los octavos de final, teniendo grandes actuaciones en los partidos de ida y vuelta, camisetas de futbol retro anotando un doblete en el partido de ida y un gol en el partido de vuelta. Como balance final, ganó 2 títulos y terminaría dicho año siendo el máximo goleador del Flamengo por segunda vez consecutiva con 20 goles: 6 goles en el Brasileirao, 10 goles en el Campeonato Carioca, 2 goles la Copa de Brasil y 2 goles en la Copa Libertadores. El 8 de diciembre, el Internacional se enfrentó al Atlético Mineiro en un importante partido en la última fecha del Brasileirao que definiría su clasificación al Pre-Libertadores, en dicho partido, Guerrero anotó el gol del empate temporal tras un rebote en el área rival, finalmente el Internacional volteó el marcador y ganó por un resultado de 2-1, obteniendo una clasificación a la fase previa de la Copa Libertadores 2020. Paolo Guerrero finalizó el Brasileirao luego de haber anotado 1 gol a Flamengo, 1 gol a Cruzeiro, 1 gol al Avaí, 2 goles al Bahía, 2 goles al Fortaleza, 1 gol a Goias, 1 gol a Botafogo y 1 gol al Atlético Mineiro, de esa manera fue el máximo goleador de su equipo en la Liga, con un total de 10 goles en 24 partidos.

El problema es que el Barça, que se ha acostumbrado a presionar futbolistas para que salgan del club como Frenkie de Jong (temporada pasada) o esta (Ansu Fati o Raphinha), no encuentra la manera de imprimir velocidad a la operación salida. Se había previsto que BMW se convirtiera en patrocinador y dejara en las arcas del club alemán 800 millones de euros en diez años. Debutó de forma oficial con el equipo el 20 de abril contra el Caxias de la cuarta división brasileña por la ida de las semifinales del campeonato Gaúcho, anotando su primer gol y avanzando a la final y logrando el subcampeonato luego de perder ante el Gremio después jugar 2 partidos definitorios. El 24 de noviembre, Guerrero tendría una muy destacada actuación ante el Fortaleza Esporte Clube por la fecha 34 del Brasileirao, anotando un doblete que salvó a su equipo de una derrota y rompiendo un récord histórico, convirtiéndose en el segundo máximo goleador extranjero en la historia de la Liga Brasileña, superando al Colombiano Víctor Hugo Aristizábal.

Finalmente, por este mismo torneo consigue vencer vía penales a Fortaleza pese a haber errado el primer penal de su equipo, gracias a la gran actuación del portero Alexander Domínguez, que detuvo 3 disparos para conseguir el título. Inició el Brasileirao anotando 1 gol en su primer partido jugado, dicho partido fue contra su ex equipo el Flamengo en la fecha 2, Paolo abrió el marcador con un fuerte remate de cabeza a tan solo 5 minutos de iniciado el encuentro, posteriormente el partido finalizó por un marcador de 2-1 a favor del Internacional. Después de muchas semanas buscando equipo, tras anunciar que se había recuperado de su lesión, el 18 de julio tuvo contacto con el Avaí Futebol Clube, que ocupaba el puesto 13 en el Brasileirao. En medio una sequía goleadora de varias semanas y de rumores de que sería declarado transferible, el periodista Eduardo de Conto informó que Paolo le pidió a la directiva la rescisión de su contrato para tratar una lesión a la rodilla. En la segunda jornada, Guerrero fue partícipe del primer clásico Grenal de la historia que se realizaba en la Copa Libertadores, en dicho encuentro se enfrentaron el Internacional contra el Gremio, Paolo jugó los 90 minutos y no pudo anotar goles, el partido culminó en un empate por un marcador de 0-0, es en este partido donde se da tanto el último encuentro de la libertadores antes de la pandemia como la batalla campal entre estos dos clubes que terminó con 8 expulsados.

El 27 de noviembre, Paolo le anotó un gol al Goias en la fecha 35, un fuerte remate de cabeza, al minuto 78, permitió anotar el único gol de su equipo en el partido, que culminó en una derrota del Internacional jugando de local por un marcador de 1-2 en contra. El 30 de noviembre, el Internacional de visitante venció al Botafogo en la fecha 36, por un marcador de 1-0 gracias a un gol de Guerrero, el gol llegó a los 84 minutos después de un fuerte remate desde fuera del área que provocó un error del portero Gatito Fernández. El 12 de mayo, Guerrero generó el primer gol de su equipo luego de un tiro libre que cobró, dicho tiro libre fue aprovechado por uno de sus compañeros para anotar el primer gol del Internacional, a los 56 minutos llegaría el gol de Guerrero y alcanzó los 100 goles en el fútbol Brasileño desde su llegada en 2012, el partido culminó con un marcador de 3-1 a favor del Internacional. Aunque en un principio se sospechaba que todo sería una estrategia de Guerrero para firmar por Alianza Lima, por ello la directiva del club le dio un plazo para resolver el contrato hasta el martes 20 de febrero.