Se juega a partido único hasta semifinales, camisetas barça lo que supone una apertura al fútbol no profesional. Ustedes saben, tanto como yo, que diversos problemas de orden político impiden que estos dos seres se puedan ver. Sigue José Luis Burgueña como entrenador para la campaña 02/03. En esta temporada se decide traspasar a Kepa al Sevilla FC. Después del susto, en la campaña 08/09 con el segoviano José Luis Montes al frente del banquillo se refuerza la plantilla y radicalmente se cambia de signo, ocupándose una meritoria cuarta plaza que le alcanza para promocionar a Segunda División A. En esta fase eliminatoria carece de fortuna y pierde 0-2 en casa ante el Lorca Deportiva C.F., consiguiendo vencer en tierras murcianas por 0-1 con lo cual no accede a la siguiente ronda. A pesar de la excelente campaña de Rocha, resultó vital para su consagración la quita de 3 puntos hacia Nacional, que hubiese impedido el festejo del equipo celeste.

Al término del campeonato, el equipo que acumula más puntos se proclama campeón y asciende directamente a Tercera, mientras que el segundo y el tercero disputan una eliminatoria a doble partido con el segundo y el tercero del Grupo II. En esta temporada, el club pierde a uno de sus jugadores más emblemáticos, Antonio Caro Peña, que cayó lesionado algunas jornadas antes de finalizar la liga y decide retirarse del fútbol como profesional y quedándose dentro de la entidad como gerente durante unos años. El equipo hace una buena temporada ya que se mantiene durante 33 jornadas dentro de los puestos que dan opción a jugar la Fase de Ascenso a Segunda «A», pero al final, a falta de dos jornadas para la conclusión del campeonato, el equipo se descuelga y queda clasificado finalmente en la 5.ª posición de la tabla, a tan sólo 2 puntos del 4.º Clasificado, el Lorca. Sin embargo, a falta de tres jornadas para el final del campeonato, Loren es destituido y en su lugar se apostó por Aitor Larrazábal con el que se finalizó la temporada salvando la categoría quedando en 14.ª posición con 45 puntos. La edición 07/08 resulta frustrante pues durante el torneo el equipo ocupa puestos rezagados que hacen temer a su afición por un posible descenso.

Al año siguiente, el equipo tendría como entrenador a Emilio Fajardo y una plantilla totalmente renovada, con la que se conquistaría la Copa RFAF ante la UD Torre del Mar (3-1 penaltis), el Torredonjimeno (1-0) y en la final ante el Salerm Puente Genil (4-0). Finalmente, el equipo lograría un doblete al quedar primero del grupo IX de Tercera Federación, venciendo por 1-0 al Real Jaén, el segundo de la liga y que estaba a solo 1 punto de los blanquillos, logrando el ascenso a Segunda Federación. En la segunda eliminatoria el conjunto marbellí cayó derrotado ante el Real Madrid C. En la ida la UD Marbella empezó metiendo un gol, terminando el partido con el resultado de 1-2 a favor de los madrileños. El 20 de febrero de 1969 enfrentó un amistoso frente a la selección de la URSS, ante la que perdió 1-3 en Bogotá. Tras doce años al frente del club, Antonio Pérez Ramos deja paso el 17 de junio de 2009 al empresario inmobiliario Rafael González-Cobos Bautista como presidente de la entidad costasoleña. En 1986, León Londoño Tamayo, presidente de la FCF, decidió, aconsejado por varios directivos de Antioquia, ofrecerle el puesto que había dejado vacante Ochoa a Francisco Maturana.

Vista la necesidad de escoger un nuevo consejo de administración, el nuevo presidente de la Fundación, Federico Varona, insistía en la necesidad de democratizar el club y que fueran los socios quienes escogieran el nuevo consejo de administración del club. Pese a que el Águilas Club de Fútbol data de 1925 con anterioridad habían existido en Águilas otros clubes. Con ocho títulos desde su llegada como entrenador, Zidane se convirtió en el segundo técnico más laureado de la historia del club tras los catorce títulos conquistados por Miguel Muñoz, e igualar los logrados de Luis Molowny. Igualmente, los aficionados «bávaros» celebran la consecución de los títulos concentrándose en los alrededores de la Marienplatz. En la temporada 2017/2018 el equipo pretende conseguir la salvación y la clasificación para la Copa del Rey. Sin embargo, pese a que el equipo finaliza la primera vuelta en 3.ª posición es destituido por Miguel Álvarez, quien no logra clasificar al equipo para disputar la liguilla, siendo también destituido por Fael, finalizando la temporada en 7.ª posición, clasificándose para la próxima edición de la Copa del Rey.