El 22 de noviembre de ese mismo año, en la sede de Peñarol, los clubes desafiliados fundaron la Federación Uruguaya de Football, camiseta francia 2024 que organizara sus propios campeonatos de manera paralela a los de la AUF. A finales de la década de los 2000, luego del final del Torneo Finalización 2010, pareció haber un cambio en el ambiente en Nacional, los días 20 de diciembre de 2010 y 5 de enero de 2011, la hinchada de Nacional realizó una marcha pacífica en la sede del club para pedir por la «resurrección» del equipo y la salida de los jugadores y de los directivos. En el inicio de la temporada 2016 Atlético Nacional se coronó por segunda vez campeón de la Superliga de Colombia, su rival fue el Deportivo Cali, ganador del torneo apertura 2015. El partido de ida se jugó el 23 de enero de 2016 en el Estadio «Palmaseca», camiseta argentina messi Nacional como visitante derrotó al local 2-0 con un doblete de Jonathan Copete. ↑ a b c Europa Press (26 de abril de 2016). «La Ponferradina despide a su entrenador Fabri González».

El 26 de abril se jugó el partido de ida, en Argentina, el partido terminó 0-0. El 3 de mayo se jugó en Medellín el partido de vuelta, quedando 4-2 a favor de Nacional con goles de Víctor Ibarbo, Jonathan Copete y doblete de Alejandro Guerra, para el equipo argentino descontó Cristian Espinoza, fue el primer gol que recibió Franco Armani en la copa, el segundo gol fue una volea del delantero Ramón Ábila. Tras la estrategia de Juan Carlos Osorio de rotar a los tres arqueros Cristian Bonilla, Neco Martínez y Franco Armani, Nacional logró ser campeón. Los directivos del equipo lograron la contratación del profesor Juan Carlos Osorio, el cual realizó pocos cambios a la nómina, los más importantes fue la rescisión del contrato con Cristian Tula y Johan Fano, la no renovación a Jairo Patiño y la venta de Dorlan Pabón y Juan Fernando Quintero, el traspaso del delantero John Pajoy, el delantero Jefferson Duque, el préstamo por un año de Cristhian Bonilla, el fichaje de Francisco Nájera y del delantero Fernando Uribe. La Superliga de Colombia 2012 fue la primera edición del torneo oficial de fútbol colombiano, que enfrentó el cuadro antioqueño como campeón del Torneo apertura 2011, y el campeón del Torneo finalización 2011, Junior de Barranquilla, el equipo Verdolaga en el primer juego logró ganar como visitante 3-1 con 2 goles de Jefferson Duque y un autogol de Andrés Felipe González.

Después de terminados los 90 minutos, Andrés Ibargüen, luego de una jugada individual, centró el balón para que Orlando Berrío marcara el 3-1 a favor, dándole la clasificación a Nacional a las semifinales; Berrío le celebró el gol en la cara al arquero Sebastián Sosa, camiseta de francia lo que generó una pelea en la cancha de todos lo jugadores de Rosario Central y la expulsión de Orlando Berrío para Nacional y Damián Musto para el equipo visitante. La semifinal sería contra el Deportes Tolima en donde Nacional lo derrotó 3-1 en condición de local por el juego de ida; Nacional cayó derrotado en el juego de vuelta en Ibagué por 1-0 pero con el marcador global de 3-2 a su favor, lo clasificaba a la gran final del Torneo apertura 2011 frente a La Equidad. Los Palacios desapareció en 2011 por motivos financieros. ↑ a b Fernando Carreño (5 de julio de 2011). Diario Marca, ed. El 13 de julio se jugó el partido de vuelta en Medellín, a los 8 minutos, el argentino Jonathan Calleri anotó un gol para São Paulo, dejando la serie 2-1, pero a los 15 minutos Miguel Borja marcó su tercer gol en el club y el empate parcial para Nacional; en el segundo tiempo, en el minuto 76, hubo una mano dentro del área del defensor Carlinhos, provocando penal a favor de Nacional, la falta fue cobrada por el mismo Borja, marcando su cuarto gol en la Copa Libertadores en tan sólo 2 partidos y convirtiéndose en el goleador del club en la competición.

El 15 de marzo Nacional visitó a Peñarol en Montevideo, el partido terminó 4-0 a favor con goles de Jonathan Copete, Daniel Bocanegra, Orlando Berrío y Luis Carlos Ruiz, la quinta fecha, contra Sporting Cristal, en Perú, terminó 1-0 con gol de penal de Víctor Ibarbo, la sexta y última fecha contra C. A. Huracán, terminó 0-0. El equipo fue el mejor primero de la competición, terminando así la mejor fase de grupos de Copa Libertadores en toda la historia de Nacional. Nacional se enfrentó a Deportivo Cali en los cuartos de final del torneo con derrota 1-0 en Palmira y victoria 2-1 jugando de local en Cúcuta, ganando finalmente por 4-1 en los tiros desde el punto penal. 3 hubo un tiro de esquina en el que Jhon Valoy logró empatar la serie 2-2 con un gol de cabeza, obligando a que el partido se definiera desde el punto penal. El 6 de julio se jugó en el Estadio «Morumbí» el partido de ida de las semifinales contra el São Paulo F. C.; en un debut soñado, Miguel Borja anotó dos goles que le dieron la victoria a Nacional en suelo brasilero. El 20 de julio se jugó el partido de ida en el estadio Olímpico Atahualpa, con unos 4 000 hinchas visitantes de Nacional que llenaron la tribuna norte del estadio.